慢性扁桃體炎多由急性扁桃體炎反覆發作或因隱窩引流不暢，而致扁桃體隱窩及其實質發生慢性炎症病變；也可發生於某些急性傳染病之後。原發性扁桃體炎是由於異物刺激及由溶血性鏈球菌或葡萄球菌等病原菌侵入所致；繼發性扁桃體炎常發於口炎、咽炎、鼻炎、慢性嘔吐等。
扁桃體炎的原因：扁桃體可產生淋巴細胞和抗體，故具有抗細菌抗病毒的防禦功能。咽部是飲食和呼吸氣的必經之路，經常接觸較易隱藏病菌和異物。咽部豐富的淋巴組織和扁桃體執行着機體這一特殊區域的防禦保護任務。不過此處也易遭受溶血性鏈球菌。葡萄球菌和肺炎球菌等到病菌和侵襲而發炎。這些細菌通常就存在於人的咽部和扁桃體隱窩內。正常情況下，由於扁桃體表面上皮完整和粘液腺不斷分泌，可將細菌隨同脫落的上皮細胞從隱窩口排出，因此保持着機體的健康。當機體因過度疲勞、受涼等原因而使抵抗力下降，上皮防禦機能減弱，腺體分泌機能降低時，扁桃體就會遭受細菌感染而發炎。
急性扁桃體炎是齶扁桃體的一種非特異性急性炎症，常伴有一定程度的咽粘膜及咽淋巴組織的急性炎症。中醫稱爲“乳蛾”、“喉蛾”或“蓮房蛾”。
