以前由於對扁桃體的功能不夠了解，被視爲如闌尾一樣，是人體中沒有作用的器官，因而有些醫生主張普遍把小孩的扁桃體割掉。近年來的研究表明，扁桃體內有淋巴組織、漿細胞和參與細胞免疫的T細胞、B細胞；能產生各種免疫球蛋白和特殊抗體；還能分泌干擾素，抑制細菌生長。因此，它是人體的防禦器官，參與人體免疫功能網絡，其免疫力在3～5歲的兒童身上表現最爲活躍。因此對5歲以下兒童，切除扁桃體要慎重。
從免疫理論看，扁桃體確實很有用。但是從治療角度看，若扁桃體有嚴重感染，反覆發炎，影響咽鼓管功能，使聽力受影響；或引起反覆發作的關節炎、風溼病、哮喘等疾病。這時，扁桃體對身體健康不但無益，還給人體帶來更多痛苦，那就應該施行扁桃體切除術。一般而言，兒童時期的扁桃體多呈生理性肥大，是正常現象，當這種生理性肥大影響到呼吸、吞嚥和發音時，則應將扁桃體手術切除。
下列幾種情況之一者，也應施行扁桃體切除手術。一是反覆發燒、咽痛，同時扁桃體出現膿點。每年發作3～4次以上，並連續發作2～3年的患者。二是患急性扁桃體炎時，出現了張嘴困難，在扁桃體周圍形成膿腫的患者，即使只出現過1次也要手術。三是對引起風溼性心臟病、關節炎及腎小球腎炎的慢性扁桃體炎患者。儘管如此，近年來醫學界對扁桃體的割除手術越來越持慎重態度，特別對年幼兒童更爲謹慎。
此外，對扁桃體切除也不要有太多顧慮，因爲目前還沒有發現扁桃體切除後對成人或兒童產生什麼明顯的不良後果。
