無論是保健型還是治療型漱口水，都不適合在非醫生指導條件下長期大量使用，否則可能引起口腔菌羣失調和其他副作用。“現在很多人喜歡每天多用幾次漱口水代替牙膏或牙線清潔口腔，其實很容易導致口腔菌羣失調，從而引發更多口腔疾病的發生。”他進一步解釋，不少漱口水中含有消炎成分，而消炎其實就是抑制某類口腔菌羣繼續發展，在此情形下，口腔內其餘菌羣可以自由生長、不斷增多，由此導致天然環境下人體口腔菌羣比例失調，從而走向炎症、齲齒等其他口腔疾病。所以，漱口水不宜頻繁使用，而且最好遵醫囑或養成定期看牙醫的好習慣。此外，某些市民如果不能忍受漱口水過於刺激的味道或嫌濃度太大，可以通過加適量白開水的方法進行稀釋後再使用。
走進超市，在牙膏、牙刷、牙線等潔牙用具的貨架旁邊，往往可見琳琅滿目的各大品牌漱口水陳列架。漱口水以其能在幾十秒內快速清潔口腔、並令口氣清新等特點越來越受市民青睞。對此，專家提醒：雖然大量漱口水作爲日常用品可自行購買，但無病人羣長期使用或會破壞口腔菌羣平衡，建議遵醫囑使用。
大多數情況下，醫生可能根據患者牙周疾病特點，選擇使用漱口水鞏固和維持療效。但此類治療型漱口水必須在專業醫師指導下使用，否則由於其含有某些特殊成分，使用不慎可能引起副作用。嚴重不良反應如味覺改變或引發複發性口瘡、令牙齒敏感程度減低等。
市民在超市接觸較多的漱口水則基本爲“消字號”產品，此類保健功效爲主的漱口水作用在於幫助人們祛除食物殘渣，並通過短時間作用消滅口腔內部分細菌，重點在於保持人們口腔清潔、預防多種口腔疾病。
然而，專家卻指出，其實並非每個健康個體都需要依賴漱口水幫助日常清潔，在採用時必須綜合權衡利弊。
