病毒培養是檢測HIV感染最精確的方法。一般採取培養外周血單個核細胞（PBMC）的方法進行HIV的診斷。
病毒核酸檢測通常是通過檢測HIV RNA水平來反映病毒載量，具有很高的靈敏度，使用適時熒光聚合酶鏈反應（PCR）技術，能夠在HIV感染的前2周檢測到病毒核酸。病毒核酸檢測方法可用於HIV的早期診斷，如窗口期輔助診斷、病程監控、指導治療方案及療效測定、預測疾病進程等。目前常用的測定方法有逆轉錄PCR實驗（RTPCR）、核酸序列擴增實驗（NASBA）、分支DNA雜交實驗（bDNA）等。使用高靈敏度的適時熒光PCR技術，能夠在HIV感染的前2周檢測到病毒核酸。
病毒分類
HIV在病毒分類中屬逆轉錄病毒科慢病毒屬中的人類免疫缺陷病毒組。迄今爲止，根據血清學反應和病毒核酸序列測定，全球流行的HIV可分爲2型：HIV1型和HIV2型。在HIV1型內，根據編碼包膜蛋白的env基因和編碼殼蛋白的gag基因序列的同源性又進一步分爲3個組：M組（主要組）、O組（外圍組）和N組（新組或非M非O組），M組內又可分爲A？J10個亞型。在HIV1型和HIV2型之間，其核苷酸序列有45%的同源性，並且存在免疫交叉反應。應用免疫印跡法（West blot）可以將二者明確地區別開來。
