乙肝抗病毒治療是一項艱苦、長期的攻堅戰，對於病情已經發展爲肝硬化的乙肝患者來說，抗病毒治療是終身性的；對於一般的慢性乙肝患者，至少要花費2年以上時間。
對於乙肝病毒e抗原陽性的乙肝患者（俗稱爲“大三陽”），一旦符合以下條件，就要抗病毒治療：
1）乙肝病毒DNA定量檢測大於105／毫升。
2）谷丙轉氨酶水平升高，如果肝功正常，需做肝穿檢查，如果肝穿病理檢查結果顯示炎症活動程度大於2級水平，也需要進行抗病毒治療。治療終點的重點是：採用PCR方法檢測乙肝病毒DNA陰轉，乙肝病毒e抗原／e抗體發生血清學轉換（乙肝“大三陽”轉爲乙肝“小三陽”），這種現象出現後再鞏固治療12個月方可停藥。如果有條件的話，最好在治療終點時做肝穿檢查，如果肝穿免疫組化結果顯示，乙肝病毒核心抗原已經消失，此時停藥更加保險。
對於乙肝病毒e抗原陰性的乙肝患者（俗稱乙肝“小三陽”，這些患者雖然乙肝病毒e抗原爲陰性，但是乙肝病毒DNA檢測始終爲陽性。這類乙肝患者病情更加複雜，治療更有難度），這類患者只要符合以下條件就要抗病毒治療：
（1）乙肝病毒DNA定量檢測大於104／毫升。
（2）谷丙轉氨酶水平升高，如果肝功正常，需做肝穿檢查，如果肝穿病理檢查結果顯示炎症活動程度大於2級水平，也需要進行抗病毒治療。這部分患者抗病毒治療需要無限期長期進行。
對於處於代償期的早期肝硬化患者，如果乙肝病毒DNA定量檢測大於103／毫升，無論肝功正常與否，都要進行抗病毒治療，選用的藥物爲恩替卡韋或者阿德福韋，需要長期不間斷服用。
對於處於失代償期的晚期肝硬化患者，只要乙肝病毒DNA定量檢測爲陽性，無論定量數值高低，都要進行抗病毒治療。此時可以選擇拉米夫定或是恩替卡韋，或是聯合阿德福韋治療，需要長期不間斷服用。如果需要進行肝移植的患者，需要在手術前提前使用，手術後堅持服用。
肝硬化患者的抗病毒治療是終身性的，一旦使用核苷類抗病毒藥物，就要堅持到底，不能半途而廢。
