檢查時在肛周皮膚上可見到單個或多個外口，呈紅色乳頭狀隆起，擠壓時有膿液或膿血性分泌物排出。外口的數目及與肛門的位置關係對診斷肛瘻很有幫助：外口數目越多，距離肛緣越遠。肛瘻越複雜。在肛門中間劃一橫線．若外口在線後方，瘻管常是彎型，且內口常在肛管後正中處；若外口在線前方，悽臂常是直型，內口常在附近的肛竇上。外口在肛絛附近，一般爲括約叫可瘻；距離肛緣較遠，則爲經括約肌痿。若痿管位置較低，自外口向肛門方向可觸及條索樣瘻管。確定內口位置對明確肛瘻診斷非常重要—直腸指檢時在內口處有輕度壓痛，有時捫到硬結樣內口及索樣瘻管。肛門鏡下有時可發現內口，自外口探查肛瘻時有造成假性通道的可能．宜用軟質探針：以上方法不能肯定內口時，還可自外口注入美藍溶液１—２ｍｌ，觀察填入肛管及直腸下端的白溼紗市條的染色部位，以判斷內口位置；碘油瘻管造影是臨牀常規檢查方法，對於複雜、多次手術的、病因不明的肛瘻患者．應作鋇灌腸或結腸鏡檢查，以排除Ｃｒｏｈｎ病、潰瘍性結腸炎等疾病的存在。
