肛瘻是肛門直腸周圍膿腫的後遺疾患，所以肛門直腸周圍膿腫是引起肛瘻的根本原因。
膿腫破潰或切開後不能癒合，最終形成瘻管，形成瘻管的主要原因有以下幾點：
①肛門直腸周圍膿腫破潰或切開多在肛門外，膿液從外口流出，但原發感染多在肛竇。肛竇則是繼發感染的門戶，反覆感染，形成瘻道。
②瘻道多在肛門括約肌之間通過，由於括約肌經常不斷地收縮與舒張，壓迫瘻道，影響膿液的排除，容易貯膿感染而難以癒合。
③直腸內有一定的壓力，將直腸感染物質如糞便、氣體，可經常不斷地從內口進入瘻道，刺激腔壁，繼發感染後由外口排出，也是造成瘻道的原因。
④肛門直腸周圍膿腫破潰後，膿液排出，膿腔逐漸縮小，外部破潰口和切口也縮小，腔壁形成結締組織增生的堅硬管道壁，因而不能自然閉合。
⑤瘻道彎曲、或有竇、分支，引流不通暢，膿液瀦留，反覆感染，造成瘻道不易癒合。
⑥肛門靜脈迴流不暢，局部經常淤血，組織營養不良，影響癒合。
⑦結核桿菌、放線菌等感染所形成的膿腫，克隆氏病等難以自愈而形成特殊性肛瘻。
