兒童糖尿病腎病的主要治療方法是運用抗生素治療。雖然抗生素可以馬上就兒童糖尿病腎病的各種症狀消除，但是在抗生素停用之後，就會發現兒童糖尿病腎病的各種症狀又回來了。所以，不宜用抗生素治療兒童糖尿病腎病，兒童糖尿病腎病患者要警惕抗生素
兒童糖尿病患者在使用抗生素治療時部分會產生以下副作用。
1、副作用一：抗藥性
長期使用抗生素會使兒童患者產生抗藥性。抗生素對某一種病原微生物抑制和殺死的同時，可能會使某些非敏感微生物菌羣產生基因突變而成爲耐藥菌，從而使這些病菌具有了對抗抗生素的能力，久而久之藥品就會失效。因此治療兒童糖尿病腎病時要慎用抗生素，以免出現抗藥性。
2、副作用二：損傷體內微生物
可以說抗生素本身就是一種有殺菌的作用毒藥，但它不具有“識別”好菌壞菌的能力。兒童患有感染時，根本原因是由於其體內的有害病原微生物在作怪，而抗生素進入人體內，在殺滅有害菌的同時還會對體內的一些有益微生物一起滅殺，所以抗生素可以把患兒體內的其他有用微生物破壞掉。所以患有兒童糖尿病腎病的患者最好少用抗生素，同時其他疾病也一樣，最好少用，不用抗生素。
3、副作用三：增生其他細菌
治療兒童糖尿病腎病時使用某種抗生素時，這種抗生素會殺死對此類抗生素敏感的細菌，可是兒童糖尿病腎病患者體內體內卻可出現對這種抗生素不敏感的其他種類的細菌，因此會引發細菌增生；兒童糖尿病腎病患者使用抗生素會出現真菌替代細菌增生，產生新的病菌。目前對真菌有效的藥物很少，因此一旦真菌感染非常難治療，容易使病情惡化而發展爲尿毒症等更加難以治療的腎病。因此兒童糖尿病腎病患者要警惕抗生素，以免造成更多的疾病，最後發展爲無法治療。
4、副作用四：損傷原有抗體
兒童糖尿病腎病患者如果長時間使用抗生素或者類抗生素藥物，那麼就會使體內的抗體受到破壞導致兒童的免疫力下降，進而可能產生基因突變等難以控制的病情或者造成某些無法預料的對兒童健康不好的變化。
5、副作用五：維生素合成降低
治療兒童糖尿病生病長期使用抗生素可導致兒童體內維生素的合成降低。兒童糖尿病腎病患者長期應用抗生素還會引起腸道內的細菌減少導致由使由這些細菌合成的維生素（B族）缺乏造成患兒的營養不良致使兒童身體的免疫能力，抗病能力更加弱。
抗生素雖然是治病見效快的有效藥物，但是同時也會致使兒童糖尿病腎病患者出現抗藥性，機體免疫力差以及抗病能力差等這些可以阻止兒童糖尿病腎病根本恢復的病症。因此兒童糖尿病腎病的治療一定要警惕抗生素的過量使用，一定要控制在一個安全範圍之內，最好是不用抗生素，治療兒童糖尿病腎病可以採用中藥治療的溫和的方法，儘管治療時間長，見效慢，但是卻可以從根本上治療兒童糖尿病腎病，同時對兒童還沒有健康危害。
