目前對多囊腎無特殊治療方法，但儘可能採取措施延緩腎功能的損害，合併結石者依照尿路結石的處理原則進行治療。較小結石可採取中西藥物保守治療並保證每日飲水2000ml左右，較大結石處理較一般病例困難，經皮腎鏡取石相對不易，ESWL可引起腎臟局部充血、水腫，而且任何一種外科治療都會導致囊腫感染髮生的可能，應慎重對待。開放手術分囊腫去頂減壓和取石二部分。多囊腎並結石的處理未能解決多囊腎的本身問題，該病重在預防，即降低風險患者的出生率。
該病屬於中醫“淋症”範疇，是以小便不爽，尿道刺痛爲特點。常以小便排出砂石爲主證，稱之爲“石淋”。中醫採用內金 溶石方，集治療和調理爲一體，辨證施治。
臨牀常分爲實證和虛實夾雜證兩種類型：
1．實證型。症見尿中時夾砂石，小便艱澀，或排尿時突然中斷，尿道窘迫疼痛，少腹拘急，或腰腹絞痛難忍，尿中帶血，舌紅、苔薄黃，脈弦或帶數。治宜清熱利溼，通淋排石，涼血止血。
2．虛實夾雜型。症見病久砂石不去，可伴見神疲乏力，精神萎頓，面白少華，舌淡紅有齒痕，脈細弱無力，或伴腰腹隱隱作痛，腰膝痠軟，手足心熱，潮熱，盜汗，神疲乏力，舌紅少苔，脈象細數。治宜利尿排石通淋，或兼補益氣血，或兼滋養陰液。若石淋日久不愈，也可轉變爲“勞淋”（小便淋瀝不已，遇勞則發），應從勞淋論治。臨牀應辨明虛實，標本兼治。
尚須注意以下幾點：
把握中藥排石療法的適應症 運用排石療法的條件是：
（1）結石直徑小於1.0釐米，形狀規則，表面光滑，並且與腎盂腎盞無黏連而遊離於腔內者
（2）泌尿道無明顯畸形、狹窄和感染
（3）無嚴重腎積水，腎功能尚好者
（4）青壯年體質好，能配合大量飲水及參加有利排石的體育活動。只有充分了解用排石藥的條件，患者才能對多種治療手段作出最佳的自我選擇。
服排石藥應注意多飲水、勤活動 服藥期間應大量飲水，每日2000～3000毫升，儘可能使尿量達到每日2000毫升以上。這樣可稀釋尿液，減少尿鹽沉澱，有利於結石排出。要鼓勵自己多跳、多跑，常做體操，促使結石移動、下降，以利自行排出。
治療期間不可忽視飲食宜忌 尿結石病人的飲食原則傾向於低動物蛋白、高維生素的素食。對結石合併痛風者應限制肉類，忌食動物內臟，每日蛋白質攝入量以不超過90克爲宜；少食菠菜、香菇、菜花，多進食水果。尿液的鹼化在尿酸結石的預防和治療中有重要意義，宜選食鹼性蔬菜和水果，使尿液PH值保持在6.2～6.5的範圍內。
高鈣尿性結石用低鈣食物作爲預防和治療方法，可減少發病和防止復發。有報道，每日服用10～24克脫脂米糠，連服4周～2個月，並把鈣攝入量限制在每天700毫克以內，可利用米糠中含植酸的磷酸鹽與鈣相結合，使鈣的攝入減少。
草酸結石發病率佔尿石症中的絕大多數，要求限制攝入高草酸、高乙醇酸及高鈣食物。如：菠菜、土豆、甜菜、蘆筍、油菜、榨菜、雪裏紅、核桃、榛子、李子、草莓、橘子、胡蘿蔔、豆角、芹菜、黃瓜、巧克力、濃茶（紅茶）、海帶、蝦米、帶魚、糖等是高草酸食物。青葡萄、酸橙、香菇、甜菜、核桃、菠菜、梨、西紅柿、白薯等是高乙醇酸食物。奶粉是高鈣食物。
本病結石直徑≥8mm時，中西醫保守治療效果不佳。直徑》10mm時，建議作體外碎石和手術取石。由於結石引起嚴重尿路梗阻，腎積水長期不能解除，影響腎功能時，應儘快手術治療。結石梗阻在尿道時，疼痛劇烈，無尿，此時應作跳躍動作和大量飲水，這有利於結石的排出。本病的預防在於平時多喝水，釋稀尿液，促進細小結石排出體外。此外，少吃菠菜、海味，及時治療泌尿系感染和先天性畸形，對預防和治療本病都有益。
