需與下列疾病進行鑑別：
一、原發性免疫缺陷病。
二、 繼發性免疫缺陷病，皮質激素，化療，放療後引起或惡性腫瘤等繼發免疫疾病。
三、特發性CD4+T淋巴細胞減少症，酷似AIDS，但無HIV感染。
四、自身免疫性疾病：結締組織病，血液病等，AIDS有發熱、消瘦則需與上述疾病鑑別。
五、淋巴結腫大疾病：如KS，何傑金病，淋巴瘤，血液病。
六、假性艾滋病綜合徵：AIDS恐怖症，英國同性戀中見到一些與艾滋病早期症狀類似的神經症狀羣。
七、中樞神經系統疾病：腦損害可以是艾滋病或其他原因引起的，需予鑑別。
