焦慮症的鑑別在焦慮症的臨牀確診上運用廣泛，由於焦慮症的症狀與神經衰弱的神經官能症疾病有交叉性，所以要注意相互之間的鑑別。
焦慮症與許多同類神經官能症在臨牀上容易產生混淆：
神經衰弱患者可有焦慮症狀，但焦慮症的焦慮緊張情緒較一般神經衰弱的症狀更爲突出。恐怖症多表現爲對某一物體，某疾病或某種環境的恐懼和嚴重不安，且常伴有其他強迫觀念和行爲，雖伴發焦慮，但與焦慮症有區別。疑病性神經症（疑病症）患者的緊張恐懼情緒多繼發於疑病症狀，而疑病症狀又與自身內部特殊不適感受和以往生活經歷、聯想或暗示等有關，因而應與焦慮症相鑑別。
憂鬱症與焦慮症不同，前者的焦慮必然與他的疑病和自罪等妄想觀念有關，這類患者的焦慮發作的背後，憂傷情緒總是存在的；若一個原來適應性很強的人突然發生焦慮發作，則應在排除器質性因素後首先考慮憂鬱症。精神分裂症在早期也可有嚴重的焦慮或焦慮疑病，若發現精神分裂症的基本症狀時，鑑別並不困難。有一些器質性腦病的患者，當臨牀上尚無明顯的癡呆症狀時，可能有焦慮或焦慮症發作。
另外，也有許多藥物中毒或戒斷症狀是以焦慮開始的，應根據病史及檢查進行鑑別。
