1.流膿是主要症狀，膿液多少與瘻管長短，多少有關，新生瘻管流膿較多，分泌物刺激皮膚而瘙癢不適，當外口阻塞或假性癒合，瘻管內膿液積存，局部腫脹疼痛，甚至發熱，以後封閉的瘻口破潰，症狀方始消失。由於引流不暢，膿腫反覆發作，也可潰破出現多個外口。較大較高位的肛瘻，常有糞便或氣體從外口排出。檢查時外口常爲一乳頭狀突起或是肉芽組織的隆起，擠壓有少量膿液排出，多爲單一外口，在肛門附近。也有多個外口，外口之間皮下瘻管相通，皮膚髮硬並萎縮。也有多個外口位於兩側，瘻管成“馬蹄形”，直腸指診在病變區可觸及硬結或條索狀物，有觸痛，隨索狀物向上探索，有時可捫及內口。若外口不整齊，不隆起，有潛行邊緣，肉芽灰白色或有乾酪樣稀薄分泌物，應懷疑爲結核性肛瘻。 瘻外口流出少量膿性、血性、粘液性分泌物爲主要症狀。較大的高位肛瘻，因瘻管位於括約肌外，不受括約肌控制，常有糞便及氣體排出。由於分泌物的刺激，使肛門部潮溼、瘙癢，有時形成溼疹。當外口癒合，瘻管中有膿腫形成時，可感到明顯疼痛，同時可伴有發熱、寒顫、乏力等全身感染症狀，膿腫穿破或切開引流後．症狀緩解。上述症狀的反覆發作是瘻管的臨牀特點。
2.疼痛 瘻管通暢無炎症時常不感疼痛，只感覺局部發脹和不適，行走時加重。當瘻管感染或膿液排出不暢而腫脹發炎時，可引起疼痛。內瘻時常感到直腸下部和肛門部灼熱不適，排糞時感到疼痛。
3.瘙癢 由於膿液不斷刺激肛周皮膚，常感覺瘙癢，肛周潮溼不適，皮膚變色、表皮脫落，纖維組織增生和增厚，有時形成溼疹。
4.排便不暢 複雜性肛瘻口久不愈，可引起肛門直腸周圍形成大的纖維化瘢痕或環狀的條索，影響肛門的舒張和閉合，大便時感到困難，有便意不盡的感覺。
5.全身症狀 在急性炎症期和複雜性肛瘻反覆發作時，可出現不同程度的發熱、或伴有消瘦、貧血、體虛等長期慢性消耗症狀。
大部分肛瘻由直腸肛管周圍膿腫引起，因此內口多在齒狀線上肛竇處，膿腫自行破潰或切開引流處形成外口，位於肛周皮膚上。由於外口生長較快．膿腫常假性癒合，導致膿腫反覆發作破潰或切開，形成多個瘻管和外口．使單純性肛瘻成爲複雜性肛瘻。瘙管由緻密纖維組織包繞，近管腔處爲炎性肉芽組織，後期腔內可上皮化。 結核、潰瘍性結腸炎、克隆病等特異性炎症、惡性腫瘤、肛管外傷感染也可引起肛瘻，但較爲少見。
