孕期用藥的安全性一直都困擾着醫學界，這不僅因爲孕婦的特殊生理和代謝情況，更因爲藥物對胎兒不良作用和遲發影響的難以預測性。
藥物對於胎兒的作用與預期發生在孕婦身上的藥理作用可能相去甚遠。同時，不同的藥物，甚至是同種藥物的不同劑量，對胎兒的近期及遠期影響也各不相同。
因此，衆多孕期用藥指南均反覆強調：
沒有任何一種藥物對胎兒的發育是絕對安全的;
禁止在孕期試驗性用藥;
只有藥物對母親的益處多於對胎兒的危險時，才考慮在孕期用藥。
我們常用的抗生素類、激素類藥物，以及消化系統、心血管系統、泌尿生殖系統、造血系統用藥，甚至是減肥藥物，都可能導致胎兒流產、早產、先天性畸形、胎兒子宮內發育遲緩、女胎男性化或者男胎女性化，也可能導致新生兒出血、溶血、葡萄糖耐量異常、神經系統異常等。與此同時，許多中草藥和中成藥也會對孕婦和胎兒造成不良影響。
