香菸中含有的尼古丁在進入人體後，會對肝臟中的代謝酶系統產生影響，使藥物代謝的過程加快或變慢，導致血液中藥物的有效濃度降低，不能發揮出應有的作用。
尼古丁能釋放抗利尿激素，從而使代謝產物不能及時排出，導致藥物蓄積中毒。此外，吸菸過多會損耗合成維生素C、維生素B6和維生素B12所需的礦物質和各種必需營養物質，間接對藥物治療過程產生不利影響。
當然，也不是所有的藥都會明顯受到吸菸的影響。研究表明，療效明顯受到吸菸影響的藥物包括解熱鎮痛藥、麻醉藥、平喘藥、抗心絞痛藥、抗血小板藥、降脂藥、降糖藥、利尿藥、抗酸藥、胃黏膜保護藥、避孕藥等，常見的藥品有茶鹼、咖啡因、心得安、安替比林、丙咪嗪、非那西丁、鎮痛新、丙氧吩、速尿等。
因此，患者在服用以上藥物期間，尤其應該小心。用藥期間最好戒菸，特別是患有糖尿病、心血管疾病、消化性潰瘍、肺部疾病、變態反應性疾病及癌症的病人，因爲吸菸對這些疾病的發病率和療效影響最大。
其次，服藥後30分鐘內務必不要吸菸。實驗證實，如果病人在服藥後30分鐘內吸菸，血藥濃度會降至不吸菸時的1/20，導致藥效不能正常發揮。
同時，菸民在看病時，應該如實告訴醫生自己的吸菸史和吸菸量，以供醫生參考。雖然在用藥期間戒菸對藥效有一定幫助，但長期吸菸史也已經導致人體狀況產生了變化，同樣會對藥效造成影響。
有時候，爲了抵消吸菸造成的影響，醫生有可能加大藥量;如果戒菸了，醫生則需要有針對性地調整處方和藥量。
