肛瘻俗稱“老鼠偷糞”，給患者帶來很大痛苦。肛瘻常有肛周膿腫自行潰破或切開排膿的歷史，此後傷口經久不愈，成爲肛瘻外口。主要症狀是反覆自外口流出少量膿液，污染內褲；有時膿液刺激肛周皮膚，有肛門瘙癢感。若外口暫時封閉，膿液積存，局部呈紅腫，則有脹痛，封閉的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反覆發作，可形成多個外口，相互溝通。如瘻管引流通暢，則局部無疼痛，僅有輕微發脹不適，病人常不介意。
臨牀檢查顯示：外口呈乳頭狀突起或肉芽組織的隆起，壓之有少量膿液流出，低位肛瘻常只有一個外口，若瘻管位置較淺，可在皮下摸到一硬索條，自外口通向肛管。高位肛瘻位置常較深，不易摸到瘻管，但外口常有多個。由於分泌物的刺激，肛周皮膚常增厚及發紅。
