中藥引起不良反應的原因主要有：
品種混亂。
中藥的同名異物現象嚴重，加之不同地區用藥習慣不同，容易造成不良反應。某醫院在配置中藥製劑時，錯把廣豆根當作北豆根入藥，造成衆多患者中毒。自1993年比利時報道“中草藥腎病”以來，國內醫藥界對中草藥引起的腎臟損害已有所重視。實驗檢測證明，比利時的減肥製劑中的防己是漢防己和有毒的廣防己的混合物，廣防己中含有馬兜鈴酸，是引起腎臟中毒的禍首。
炮製不當。
中藥炮製得當可以增強療效，減低毒性，炮製不當則易引起中毒。以硃砂爲例，其加工時需要水飛，即不斷加水研磨，才能得到紅色細粉的正品，而現在採用機械加工，使用球磨機研磨後，所得細粉發黑，說明已有遊離汞產生，故媒體上不斷傳來中毒反應的報道。
長時間連續用藥。
很多中藥服用時間過久，容易出現依賴性和蓄積中毒。如服用硃砂安神丸可以降血壓、安神，但服用過久，可以造成慢性汞蓄積中毒。安宮牛黃丸、紫雪丹、至寶丹等中成藥也含有硃砂，不宜長期服用。
煎煮不當。
含有毒性的中藥如烏頭，煎煮時強調久煎，而有些中藥如山豆根，煎煮時間越長，毒性越顯著增加。
配伍禁忌與相互作用。
許多中藥是不能混用的，否則會產生毒性或嚴重的不良反應。中藥“十八反、十九畏”的配伍禁忌是有道理的，不可忽視。
另外，一些中藥服用時也有飲食上的配合禁忌，如地黃、何首烏忌蔥，土茯苓、威靈仙忌茶，鱉甲忌莧菜，蜂蜜忌蔥等。
