衣原體感染能夠引起許多疾患。其中對泌尿系統的感染常被稱爲非淋菌性尿道炎(nongonococcal urethritis，NGU。在非淋的病原體檢測中，沙眼衣原體的發現率佔到了40%-60%。
男性衣原體性尿道炎(chlamydia urethritis，CU)是由衣原體感染引起的非急性化膿性尿道粘膜炎性病變。目前已成爲STDs中最常見的一種。
本病潛伏期比淋病長，約1-3周或數月，主要表現爲尿道內不適，刺痛及燒灼感，並伴有不同程度的尿頻、尿急、尿痛，尿痛較淋病爲輕。尿道口輕度紅腫並有漿液或粘液膿性分泌物，稀薄而量少，長時期不排尿或早晨首次排尿前可見尿道口分泌物污染內褲，並可見尿道口有“餬口”現象;分泌物少時，於晨起擠壓尿道才流出少量粘液。合併膀胱炎時可有血尿;無症狀性非淋菌性尿道炎，約30-40%病人症狀不典型或根本無症狀。約1/3左右的淋球菌尿道炎病人合併沙眼衣原體感染，淋病治癒後又出現尿道炎症狀，易誤診爲慢性淋病或PPNG菌株感染。
沙眼衣原體感染易併發附睾炎，表現爲附睾腫大，變硬及觸痛，多爲單側，部分患者的抗沙眼衣原體抗體升高，可直接從附睾抽吸液中分離出沙眼衣原體;累及睾丸可出現睾丸炎，表現爲睾丸疼痛、觸痛、陰囊水腫及輸精管變硬變粗;累及前列腺時可出現後尿道、會陰及肛門部位鈍痛或觸痛，可有性功能障礙，直腸鏡檢可觸及有壓痛的前列腺。如前列腺明顯腫大，可壓迫後尿道而出現尿流變細、排尿無力及尿流中斷等;本病還可以合併Reiter綜合徵，即關節炎，結膜炎，尿道炎三聯症。
