治療肺膿腫病期在三個月以內者，應採用全身及藥物治療。包括抗生素全身應用及體位引流，局部滴藥、噴霧及氣管鏡吸痰等。經上述治療無效則考慮外科手術治療。
手術適應症：
1、病期在三個月以上，經內科治療病變未見明顯吸收，而且持續或反覆發作有較多症狀者。
2、慢性肺膿腫有突然大咯血致死的威脅，或大咯血經積極藥物治療仍不停止者，應及時手術搶救。
3、慢性肺膿腫如因支氣管高度阻塞而感染難以控制者，應在適當準備後進行肺切除。
4、慢性肺膿腫與其他病竈並存，或不能完全鑑別，如結核、、肺黴菌感染等，也需要肺切除治療。
術前準備：包括改善病人全身情況，加強營養，間斷輸血，全身用抗生素，體位排痰，局部噴霧，氣管內滴藥等。經住院3～6周準備，痰量減少至每天50ml以下；痰由黃膿稠變爲白粘稀薄；食慾、體重有所增加；血紅蛋白接近正常，體溫脈搏趨於平穩，則可進行手術。
手術範圍：肺膿腫的手術難度大、出血多，病變往往跨葉，手術範圍不宜太保守，儘可能不做肺段或部分肺葉切除，而多數是超過肺葉範圍，甚至需要全肺切除。
手術併發症：常見的有失血性，支氣管瘻及膿胸、吸入性、食管瘻等。
其預後，大多數慢性肺膿腫經外科治療療效滿意，症狀消失，並恢復正常工作。
