目前，在食品藥品監管和司法實踐中，對存在非法添加的食品(含保健食品)如何定性存在混亂，一種食品添加了藥品，是按有毒、有害食品定性還是按假藥定性，相關司法解釋並未解釋清晰;另外，對有毒、有害非食品原料的確定，也存在問題。
司法解釋對同爲添加藥品的食品定性不一致。根據“兩高”《關於辦理危害食品安全刑事案件適用法律若干問題的解釋》第二十條第(二)項的規定，國務院有關部門公佈的《食品中可能違法添加的非食用物質名單》、《保健食品中可能非法添加的物質名單》上的物質，應當認定爲“有毒、有害的非食品原料”，對在食品中添加上述名單所載物質的行爲，應當以“生產、銷售有毒、有害食品罪”定罪處罰。國家食品藥品監管部門於2012年發佈了《保健食品中可能非法添加的物質名單(第一批)》，在這個名單中所稱的“可能非法添加的物質”，檢驗依據都是以藥品補充檢驗方法和檢驗項目批准件爲準，即都是按藥品來檢驗。
事實上，在食品中可能添加的藥品品種遠多於《保健食品中可能非法添加的物質名單(第一批)》中所列品種。比如，酚酞與西布曲明一樣，同作爲減肥藥中可能非法添加的藥物，但《保健食品中可能非法添加的物質名單(第一批)》中並沒有酚酞。如此一來，同爲添加藥品，添加西布曲明的保健食品，將以有毒、有害食品定性處理;添加酚酞的保健食品，則無明確的法律處理依據。
對添加酚酞的食品，行政執法中可以根據《食品安全法》第八十六條第(四)項規定，對非法添加藥物的生產經營者予以處罰，但對於僅是銷售添加酚酞食品的經營者，因其沒有添加行爲，卻不能適用。刑事處理中，由於《保健食品中可能非法添加的物質名單(第一批)》中沒有列出酚酞，對添加了酚酞的食品作爲有毒有害食品的定性存在難度。有人認爲可以用《關於辦理危害食品安全刑事案件適用法律若干問題的解釋》第二十條第(四)項的規定，將酚酞作爲其他危害人體健康的物質進行定性。如果將《保健食品中可能非法添加的物質名單(第一批)》未列舉的藥品都作爲“其他危害人體健康的物質”，那麼，國家藥典上記載的藥品都是“有毒、有害的非食品原料”?只要食品中添加了藥物，都按有毒有害食品進行定性嗎?顯然，這一觀點是不正確的。
筆者認爲，目前《食品安全法》和《關於辦理危害食品安全刑事案件適用法律若干問題的解釋》對於食品非法添加問題的處理存在以下問題：一是出現同爲食品中添加藥物處理方式卻不同的情況;二是沒有釐清假藥與非法添加藥物的食品之間的關聯，將本應按假藥處理的問題食品作爲有毒、有害食品處理。
鑑於此，筆者認爲對食品非法添加問題，不妨採用“二分法”進行處理。即凡是經檢驗證明添加了國家藥典載明的藥品(國家允許添加的藥品除外)的食品，一律按假藥來處理。因爲食品中添加藥品的目的就是通過藥品產生療效，而給人以食品有治療功效的假象，對此以假藥定性打擊，更符合產品違法的性質，處理起來也更符合邏輯。凡是添加有毒、有害物質的食品，一律作爲有毒、有害食品處理。二分法的關鍵在於，不將藥品視爲有毒、有害非食品原料(或稱爲有毒有害物質);食品外包裝標示內容，不影響對非法添加行爲的定性。
值得注意的是，這裏的“有毒有害非食品原料”，可能包括一般化學物質、農藥、獸藥、各類非食用添加劑等，具體可按《食品中可能違法添加的非食用物質名單》及農藥、獸藥品種目錄進行掌握。對新出現的不在《食品中可能違法添加的非食用物質名單》中，也不是農藥、獸藥的非食用物質，應當嚴格按法定程序科學論證，以確定是否對人體有毒有害。
《關於辦理危害食品安全刑事案件適用法律若干問題的解釋》第二十一條規定，“有毒、有害非食品原料”難以確定的，司法機關可以根據檢驗報告並結合專家意見等相關材料進行認定。根據刑事訴訟證據規則，法官對於鑑定結論的判定，是基於鑑定結論的作出主體、作出程序等情況進行的，而不是法官本身。而上述規定，實際是要求法官作出某種物質是否對人體有毒、有害的判定，不僅法官難以具備此方面專業知識，且違背了司法中立的立場。《新食品原料安全性審查管理辦法》第四條規定，新食品原料應當經過國家衛生計生委安全性審查後，方可用於食品生產經營。根據此規定精神，筆者認爲司法實踐中，對某種物質是否爲“有毒、有害非食品原料”，應當統一報由國家衛生和計生委審查確定爲宜。
